在戲中，山本五十六曾經說過以下兩句金句，十分有意思：

「使用外交手段避免戰爭，這是國防的本質。」

「軍人最重要的職責，是要結束他挑起的戰爭。」

戲中的山本五十六主張「不戰的軍隊」，反對日本發動戰爭，因為他明白到戰爭對國家的禍害，造成大量人命傷亡，特別是失去了大量能夠建設社會的年輕人。當軍人在吃飯的時候討論軍事，山本五十六就裝作輕鬆討論食物；在戰爭發生的時候，又突然下將棋，穩藏他的痛苦。

可惜的是，當時的日本社會過份迷信於軍國主義和民族主義，認為唯有發動戰爭才能夠改善日本的經濟和民生，導致頭腦冷靜的山本五十六變得孤單。電影花了不少篇幅講述《東京日報》記者的報導手法和心態，持有鮮明右翼的立場、報導失實、報章社論帶有煽動性之外，還刻意不報導山本五十六反戰的觀點。

就算山本五十六當上了日本海軍聯合艦隊司令長官，但只得他一個人面對民族巨浪，力量也實在太渺小了。從日本政府決定要發動戰爭開始，山本五十六便無法逃避命運的安排，但戲中的他在執行任務的同時，不斷思考如何能夠達致議和，盡快結束戰爭。他主張要堂堂正正襲擊開戰，卻遭到政府高層的出賣，變成了「偷襲珍珠港」事件。在隨後多場戰役，站在前線的山本五十六行的每一盤棋也是以議和為目標。國內受傳媒矇騙的群眾，把山本當成神一般，但山本的回應是：「如果我是神，就不會發動戰爭。」

由於職責所在，明知道會是一場敗仗，山本五十六也要打，他唯有在自己的權力範圍內，嘗試將傷亡人數減至最少。在表面上，山本五十六好像沒有為戰爭帶來甚麼改變，但如果由另一位右翼軍人去擔當聯合艦隊司令長官，戰爭的範圍和死傷程度可能更嚴重。

電影的反戰訊息非常明顯。最深刻的是山本送禮物給食店小妹妹的那一幕，象徵著他將希望寄托在未來下一代，希望他們能夠重建日本社會，不要讓日本再次走上歪路。另外，山本多次勸勉《東京日報》記者真藤利一（玉木宏 飾演），要放眼世界，隱含著對狹隘的民族主義和軍國主義的批評，諷刺的是這位記者最終被召入伍。